События сериала разворачиваются фактически через три года после событий предыдущего аниме. В это время Избранные дети вернулись к своей обычной жизни, а Цифровой мир, где им удалось победить Апокалимона, снова стал спокойным и мирным. Но появляется новый враг, «Император Дигимонов», установивший власть над частью Цифрового мира сначала с помощью созданных им тёмных колец и чёрных башен, а затем — тёмных спиралей, позволяющих поработить любого дигимона и препятствующих его эволюции. Между тем появляется новое поколение Избранных детей, состоящее из пяти главных героев, среди которых — ветераны Такэру Такаиси и Хикари Ягами. Новому поколению, вооружённому устройствами D3 (новый тип дигивайса), позволяющими им в любое время открыть прямой доступ к различным местам в Цифровом мире, и яйцами-дигименталами, позволяющими их дигимонам эволюционировать вопреки присутствию чёрных башен.